本当に暗殺されてしまった「将軍暗殺篇」
第五百二訓『光と影の将軍』から始まったのが「将軍暗殺篇」です。
「一国傾城篇」以降、一橋派の手による茂茂の暗殺未遂が行われ、茂茂は身を案じるため朝廷がある京へ向かいます。そしてそれを狙った一橋派と手を組んだ高杉晋助率いる鬼兵隊と神威率いる春雨に対し、万事屋と猿飛あやめに服部全蔵率いる元御庭番衆、真選組らが茂茂を守るために死闘を始めました。
この長篇では、銀時と晋助、神楽と神威という因縁ある者同士が戦うファンが待ち望んでいた展開があった他、茂茂が小さい頃に全蔵ら御庭番衆と一緒に稽古を受けていたという過去が明かされました。
最終的に京への護送は無事に済んだのですが、茂茂の元へと戻ってきた部下の者らに挨拶を行った際、裏切り者が毒針を茂茂の手に刺したことで、無念にも茂茂は倒れてしまいます。
そして、最期は妹であるそよ姫が淹れたぬるいお茶を飲んだ後に
「ただの兄に戻っても…お前のいれた茶は…やっぱりぬるいな…」
と言い、そよ姫の膝元で息を引き取ってしまいました。
長期間登場した重要キャラが初めて死んだことにより、ファンの間には衝撃が走りました。そして茂茂が亡くなった事で、次の長篇に続くことになります。
ついにラスボスの登場「さらば真選組篇」
第五百二十五訓『3杯の盃』。徳川茂茂が暗殺されたことにより、一橋派の代表である一橋喜喜は名実ともに次期将軍となり、徳川喜喜を名乗るようになります。
そして将軍の命により、茂茂を暗殺から守れなかったという名義で、真選組隊長の近藤勲と警察庁長官の松平片栗虎は斬首を言い渡され、黒縄島という監獄のごとき島に監禁されてしまいます。真選組は瓦解し、警察庁長官には見廻組隊長の佐々木異三郎が就く事になります。
将軍に背いた罰として同様に黒縄島に入れられた桂小太郎は近藤と共闘し、3人で脱出を図ります。そしてバラバラになってしまった真選組に、リーダーがいなくなった攘夷志士も手を組んで、3人救出のため黒縄島に向かうのでした。
この長篇では遂にラスボスと思われる虚が登場、吉田松陽の本当の姿がついに明かされました。この黒縄島での騒乱は異三郎が意図したものであり、彼はこの腐った国そのものを、自身とともに消し去ろうと考えていました。
その中には、過去に真選組の結成に関わっていた事、真選組らを幕府の陰謀から守ろうとした結果天導衆の朧に気づかれ、産まれたばかりの娘と妻を暗殺されていた壮絶な過去が分かります。
また家族を殺された時、その場にいた子供の殺し屋である骸を自らのそばに置き、復讐の道具として使う事を決意しますが、実際は骸は家族を守るために来ていたと異三郎は気づいていました。
そして次第に情が移っていき1人のパートナーとなっていき、見廻組として活動する際に「骸なんて物騒な名前はよくないので、今井信女と名乗れ」と、自分の娘につけるつもりであった“信女”を与えたのでした。
最期は、黒縄島からの脱出を阻む虚らの攻撃により落下。脱出用の船まで一緒に担いで来た信女と鉄之介を助け、今まで届かなかったメールがやっと届いたのだと安堵した顔つきでした。